La introducción y rápida propagación del SARS-CoV-2 Gamma en Venezuela

Cuando el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), que es el virus responsable de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), se propagó por primera vez en todo el mundo, muchos gobiernos se vieron obligados a tomar medidas costosas y restrictivas para reducir la transmisión. Estas medidas a menudo consistían en el uso obligatorio de la máscara, el cierre de espacios públicos e incluso una ordenanza completa de bloqueo / permanencia en el hogar.

Estudio: Introducción y rápida propagación de la variante gamma preocupante del SARS-CoV-2 en Venezuela. Haber de imagen: Droneandy / Shutterstock.com

Cuando se aprobaron las primeras vacunas COVID-19 y los programas de vacunación masiva comenzaron a mostrar cierto éxito, estas medidas restrictivas se levantaron para permitir que las economías se recuperaran. Sin embargo, continuaron apareciendo varias variantes de SARS-CoV-2 (VOC), muchas de las cuales han demostrado la capacidad de revolucionar la protección de las vacunas y continúan infectando a los individuos.

La proteína de pico de SARS-CoV-2 consta de dos subunidades S1 y S2 que deben escindirse de una proteína huésped. La subunidad S1 contiene un dominio de unión al receptor (RBD) que se une al receptor de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2) presente en la célula huésped para permitir la entrada de células virales, mientras que la subunidad S2 es responsable de la fusión de la membrana. Los anticuerpos neutralizantes y las vacunas a menudo se dirigen a la RBD para evitar la entrada a la célula; sin embargo, muchos COV muestran mutaciones en esta área que pueden ayudarlos a evadir la actividad inmunológica.

Información del estudio

En un estudio reciente publicado en la revista Infección, genética y evolución, investigadores del Instituto Venezolano de Investigaciones Científica investigan la introducción de uno de los COV en Venezuela.

Los investigadores tomaron hisopos nasales que dieron positivo al SARS-CoV-2 durante el diagnóstico de rutina para evaluar la propagación del VOC gamma del SARS-CoV-2 en toda Venezuela. Las muestras seleccionadas se aislaron para la secuenciación completa del genoma, seguido de alineación de secuencias y análisis filogenético. Las diferencias estadísticas se evaluaron mediante la prueba t de Student, las pruebas exactas de Fisher o la prueba de chi-cuadrado con corrección de Yates.

Los científicos desarrollaron una metodología de secuenciación parcial para permitir el cribado de un gran número de muestras para diferentes variantes. El primer examen fue una amplificación simple de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de dos rondas para probar un fragmento de la proteína de pico que generalmente se asocia con mutaciones clave.

De los primeros 245 aislamientos que se amplificaron con éxito, 29 portaban tanto E484K como N501Y y uno solo portaba E484K. Aproximadamente el 25% de las muestras no se amplificaron, posiblemente debido a problemas con la integridad de las muestras.

Una vez que se detectaron los COV, se utilizó otra ronda de PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR) para amplificar un fragmento más pequeño de la proteína de pico, en el que se podían encontrar mutaciones específicamente asociadas con Gamma VOC. Los investigadores no encontraron diferencias entre la prevalencia de Gamma VOC en individuos sintomáticos y asintomáticos.

En total, se han aislado 16 genomas completos de Gamma VOC, con una similitud superior al 99,9%. El primero de estos genomas se encontró a finales de enero de 2021; sin embargo, la tasa de descubrimiento aumentó rápidamente después de este punto. En algunas áreas del país, el 95% de los aislamientos probados eran Gamma VOC en marzo de 2021.

Los científicos también analizaron las infecciones por vacunas innovadoras que también eran reinfecciones. Aunque no todos los casos fueron causados ​​por Gamma VOC, todos portaban la mutación E484K presente en esta variante. Esta mutación se encontró incluso con más frecuencia entre los aislados de no variantes de interés.

Al realizar una revisión de la literatura actual, los investigadores registraron un total de 89 casos notificados de reinfección. La mayoría de estos fueron de gravedad similar o menor que la infección anterior y mostraron un linaje diferente al de la primera infección. Casi todos los casos de reinfección que involucran a E484K se han encontrado en América del Sur, y la reinfección podría ocurrir tan pronto como 24 días después de la infección inicial.

Conclusión

Los autores del estudio actual se centran en su estrategia de secuenciar la menor cantidad posible del genoma, lo que les permite procesar muchas más muestras de lo normal. Aunque la presencia de mutaciones en los sitios específicos de los aminoácidos que estaban investigando no significaba necesariamente que el VOC de interés estuviera presente, la detección de estas dos mutaciones fue esencial para permitir a los científicos detectar rápidamente la introducción de Gamma VOC en el país. .

En particular, tomó solo dos meses para que Gamma VOC se convirtiera en la cepa dominante en el país. Además, el rápido surgimiento y dominio en Manaus muestra de antemano que esta variante puede extenderse y anularse rápidamente.

Como uno de los COV capaces de evadir la inmunidad natural e inducida por vacunas, la velocidad a la que esta variante se propaga es preocupante. La investigación que se presenta aquí podría permitir una detección más rápida de los COV del SARS-CoV-2 en otros países, proporcionando así información valiosa para los responsables de la formulación de políticas de salud pública y los epidemiólogos.